GIST對傳統放射治療和化學治療效果並不理想，手術切除及標靶藥物是目前最重要的治療方式。

早期、2公分以上的GIST以手術切除為主，但研究發現，手術完全切除後仍有可能會復發或轉移，故針對腫瘤病理報告歸類為「高復發風險」的患者，建議在手術前或手術後使用口服標靶藥作輔助治療，以縮小腫瘤或減低手術後復發的機會。

對於已轉移或無法透過手術切除的患者，則直接使用口服標靶藥。

手術切除是GIST的首選治療方式，為患者提供根治的希望。外科醫生會視乎腫瘤生長部位來決定手術的方式和切除的範圍，通常GIST的淋巴轉移機率較低，毋須進行大範圍的淋巴結切除。

• 手術的目標：完全切除所有腫瘤、清晰的手術切緣、避免腫瘤破裂

• ≥2公分的GIST建議切除。

• 腹腔鏡（微創）手術：大部分生長於胃部的GIST皆可利用腹腔鏡手術做部分胃切除術。

• 對於局部晚期、或不明確是否能完全切除的GIST：建議先以口服標靶藥「酪氨酸激酶抑制劑」（tyrosine kinase inhibitor，簡稱TKI），例如Imatinib，再評估是否能接受手術切除腫瘤。

• 復發或轉移性GIST的再次手術：建議在服用TKI將病情控制穩定後，再次進行手術。